Durante un’immersione, Claudia Mares (Simona Cavallari), sospesa dal servizio dopo la fuga di Rosy Abate (Giulia Michelini), rinviene all’interno di una nave affondata, carica di rifiuti tossici, il cadavere di un uomo del clan Abate detto lo Sfregiato. Inseguita da alcuni killer, riesce a fuggire e a denunciare il fatto alla guardia costiera. In quella occasione, incontra il procuratore Giorgio Antonucci (Gianmarco Tognazzi), che mostra da subito una forte simpatia nei confronti della Mares.
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Intanto, in Colombia, Rosy sta dando alla luce suo figlio nella villa di Vincent Truebla (Sergio Muniz), un pericoloso narcotrafficante sudamericano che le ha dato rifugio mentre era ricercata dalla polizia italiana e con il quale ha una relazione.
A Palermo, Claudia si introduce a casa dello Sfregiato e trova un’agendina stracolma di numeri telefonici internazionali. Così, avverte Fiamma (Alice Palazzi) e Sandro (Giordano De Plano) in Duomo e chiede loro di controllare le utenze registrate, sebbene non sia ancora rientrata ufficialmente in servizio.
Ma l’operazione è interrotta da Augusto Calcaterra (Marco Bocci), un vicequestore arrivato da Napoli per sostituire la Mares nei mesi di sospensione. Il rapporto tra Calcaterra e il resto della squadra è complicato, non solo per il suo carattere poco accomodante, ma anche per la dura opposizione della squadra, ancora concentrata sul loro vero obiettivo: catturare Rosy. Il ritrovamento del relitto fa scattare le indagini sull’ecomafia e sul clan dei Manzella, l’ultimo ancora attivo a Palermo dopo la dispersione degli Abate.
Grazie alle ricerche della squadra, Sandro, Luca (Francesco Mandelli) e Fiamma risalgono alla villa di Vincent Truebla, dove ipotizzano si trovi anche Rosy; nonostante le frizioni tra Mares, spalleggiata dal procuratore Antonucci, e Calcaterra per la leadership della squadra, viene organizzata una operazione in collaborazione con la Dea per sgominare i Truebla e catturare Rosy Abate.
Tuttavia, l’operazione non raggiunge il risultato sperato: Rosy, minacciata anche da Vincent che trama alle sue spalle, riesce a fuggire insieme al piccolo Leonardo e il clan Truebla perisce sotto il fuoco nemico. Si salva soltanto Blanca (Vanessa Villafane), sorella di Vincent, disposta a tutto pur di vendicare la morte dei suoi fratelli.
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Claudia Mares, tornata a capo della Duomo insieme a Calcaterra, prosegue testarda la ricerca di Rosy che, fuggita dalla Colombia a bordo di un jet privato, è tornata in Sicilia passando dall’Africa e ora sta riorganizzando il suo clan con l’aiuto del Puparo (Gigio Morra), un mafioso “in pensione” che vede Rosy come una figlia e che la aiuterà ad annientare i Manzella, già padroni del territorio.
In Duomo proseguono anche le indagini sul traffico di scorie, in cui è coinvolto anche Gianluca Cosmelli, un imprenditore spezzino, il quale fornisce ai nostri la pista d’indagine che porta a Rosario Manzella (Salvatore Lazzaro).
Nel frattempo, Rosy trova nuove alleanze: il clan camorrista di Vito Portanova (Giuseppe Zeno), ex alleato del Puparo negli anni in cui era carcerato a Napoli e ora interessato al traffico dei rifiuti in Sicilia.
Una nuova operazione contro l’ecomafia regala a Claudia la prova che cercava per dimostrare a Calcaterra che Rosy Abate è tornata a Palermo e ora devono arrestarla prima che ristabilisca gli equilibri di mafia in città. Per farlo, dovranno chiedere l’aiuto al suo unico uomo rimasto vivo: l’agente dei servizi deviati Filippo De Silva (Paolo Pierobon).
Ma Rosy ha in mente un piano machiavellico per screditare Claudia Mares ed evitare così che possa interferire nei loro traffici. Un piano suggerito dallo stesso De Silva, che si guadagna in questo modo la sua evasione, organizzata dal clan dei Portanova. Appena rientrata in casa, Claudia trova il corpo senza vita di Santamaria, il suo principale informatore, apparentemente morto per overdose ma in realtà “suicidato” dagli uomini di Rosy.
