La nuova stagione di Squadra Antimafia inizia subito in piena azione con il nostro Calcaterra (Marco Bocci) che si prepara a fare irruzione nel covo di Afrikanietz. Lui e i suoi uomini, però, sono stati uccisi in un modo brutale, qualcuno ha fatto una strage , ma chi? A quanto pare è il nostro cattivo De Silva (Paolo Pierobon), ma per chi sta lavorando questa volta?
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Le nostre risposte devono attendere visto che ci troviamo in carcere dove Lara (Ana Caterina Morariu) fa visita alla sorella alla ricerca di risposte sui suoi traffici ma lei nega tutto e presto torna libera grazie ad un patto con De Silva, ma cosa vorrà adesso in cambio?
Domenico, invece, fa visita a Rosy (Giulia Michelini) ancora alla clinica ma presto avrà nuove gatte da pelare a cominciare dalla nuova famiglia che sta scalando il potere a Catania.
Dopo sette anni, il più giovane della famiglia, Ettore esce di galera, farà il bravo adesso? Il giovane diventa presto il capo mandamento e insieme a sua sorella, Rachele Ragno (Francesca Valtorta), si da alle rapine e non solo. Presto i due instaureranno un tempio del terrore tenendo in pugno anche i testimoni della rapina.
Calcaterra segue una nuova traccia, la parola crisalide scritta con il sangue sul luogo della strage a Montenegro. Questo fa capire subito al nostro Mimmo che la strage è legata ai Servizi Segreti e quindi a De Silva. Le sue indagini iniziano proprio dal capo dei servizi segreti ma senza ottenere molto almeno fino a che non si presenta a casa di un giudice in coma.
Proprio la moglie di quest’ultimo consegna loro un dischetto. Sull’uscio di casa, Calcaterra confida a Lara che secondo lui l’uomo non ha avuto un ictus e noi in un flashback scopriamo che è stato De Silva a ridurlo in quel modo.
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Sandro (Giordano De Plano) torna a Catania dopo due interventi alla schiena mentre scopriamo che Anna ha perso il bambino e Palladino ha lasciato la squadra. Domenico gli chiede di entrare, sotto copertura, in carcere e lui risponde si: dovrà guadagnarsi la fiducia di don Carmine e per questo lascia Anna. De Silva e Veronica si incontrano, l’ex sindaco dovrà aiutare i Ragno nella loro scalata. La donna acconsente e incontra la famiglia “consigliando” loro un modo per raddoppiare i loro soldi.
Calcaterra inizia ufficialmente l’indagine “Crisalide” ma contro di lui rema De Silva che prima uccide un potenziale informatore e poi dovrebbe eliminare anche lo stesso Mimmo ma alla fine lo lascia vivere invitandolo a stare lontano dai Servizi e dalla missione.