In un magazzino del porto Vivaldi sta cercando Salvatore (Luigi Maria Burruano), sente uno sparo e subito dopo vede Salvatore con la pistola in mano e una donna che giace per terra, morta. Subito Salvatore viene arrestato. La donna è una prostituta romena. Salvatore, interrogato da Stucchi (Sergio Sivori) perché Vivaldi non conduce le indagini sul caso Ferrer, si dichiara innocente, ma non spiega come mai si è trovato nel magazzino e come amai avesse la pistola in mano. Al commissario Vivaldi non piace il modo in cui viene trattato il vecchio amico e per questo tra lui e Stucchi scoppia una lite.
Un’altra indagine occuperà Vivaldi nel corso della puntata. Nel porto è stato trovato il cadavere di un prete francescano. Il frate è stato accoltellato e poi con un veicolo qualcuno è passato sopra il corpo. Durante la stessa mattinata viene trovato anche un furgone rubato, alla guida un giovane ragazzo extracomunitario senza documenti. A bordo vengono ritrovati anche l’arma del delitto. Subito si pensa a un delitto per vendetta del ragazzo che veniva molestato dal prete, ma a Federico le cose non sembrano così semplici. Secondo i conoscenti di fra Luca questi era un animo nobile, una figura che mal si sposava con le insinuazioni di molestie a Samir, il ragazzo arrestato che si rifiuta di parlare. Parla anche con lo zio di Samir, Kaled, che lavora in una ditta di spedizioni in porto (vicino a dove è stato trovato il corpo). Si tratta di un musulmano praticante, che non era fortemente contrario all’amicizia di Samir con il prete. Potrebbe essere questo il movente, ma Kaled ha un alibi.
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Dopo aver ottenuto un’altra settimana per le indagini dal magistrato Conti, si reca di nuovo in porto. Dopo aver parlato di nuovo con Kaled viene avvicinato da una donna musulmana. Lei dice che il prete era buono e li aiutava nonostante non fosse ben voluto dagli uomini della comunità. Secondo la donna l’omicidio ha a che fare con qualcosa che il frate ha scoperto, qualcosa nel porto.
Ma è la testimonianza di una donna venuta fino a Trieste da Milano per parlare col commissario che mette luce sulle indagini. Si tratta dell’ex fidanzata del prete, che fa l’avvocato e che era stata contattata da questi poco tempo prima per delle consulenze legali: aveva scoperto delle cose e voleva un consiglio su come procedere. Le piste adesso portano dritte al padrone della ditta in cui lavora Samir, la Binasco. Andando a trovare il signor Binasco lo trova in compagnia del suo socio, Berger. Vivaldi sente subito aria sospetta, si fa allora raccontare tutto dall’impiegata, innamorata di Samir e causa delle discordie tra il ragazzo e suo zio. Secondo la ragazza nelle casse che la ditta trasporta in Africa c’è qualcosa di strano. Facendo delle verifiche su Berger, l’uomo risulta pregiudicato per traffico d’armi. Con un’azione spettacolare i poliziotti coglieranno i due soci, Binasco e Berger con le armi anche grazie all’aiuto di Kaled.
Ma non tutte le cose sono così facilmente risolvibili per il commissario Vivaldi. La relazione con Laura (Caterina Vertova), ricostruita con tanta fatica vacilla pericolosamente. Lei riceve delle foto che ritraggono il commissario in atteggiamenti dolci con una ragazza. Si tratta di Eva Ferrer che aveva cercato conforto in Vivaldi durante un periodo difficile della sua vita e che lo stesso commissario riteneva come una figlia. Ma il tarlo della gelosia si è fatto strada in Laura e vecchie ferite si sono riaperte. La loro convivenza finisce e Laura si incontra con Giulio Zorzi (Alberto Molinari). Addirittura una sera Federico li vede mentre si baciano. Questo lo fa andare fuori di testa. Vuole scoprire a tutti i costi chi ha mandato le foto alla moglie. Lo scopre Stefano insieme a Guidolin (Nicola Nocella) della scientifica. Da un riflesso della foto si vede chi fa lo scatto: si tratta di Zorzi.
Anche Damien (Giuseppe Schisano) ha una brutta sorpresa: non solo il suo rapporto con Stefano langue, ma gli capita in casa anche un ragazzo arrabbiato che vuole picchiare Stefano per avergli soffiato la fidanzata. Per fortuna non lo trova in casa, già da tempo il poliziotto e il medico non abitano più insieme. Si tratta del fidanzato di Valentina (Morgana Forcella). Sarà per questo che Damien non vorrà sentire ragioni quando Stefano dopo molto tempo vorrà riallacciare i rapporti con lui. E da Stefano Valentina verrà a rifugiarsi dopo il litigio e la rottura con il promesso sposo.
Infine il caso Ferrer. La ragazza uccisa è una prostituta, che dall’indagine di Stefano sembra essere uscita dal giro per fare l’attrice convinta dal fidanzato, un uomo che viene descritto come artista. secondo Vivaldi si tratta dell’omicida di Irene Ferrer che dopo anni di silenzio si è sentito in pericolo ed ha ammazzato prima Sangermano e adesso la prostituta con l’intento di incolpare Salvatore.
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I due vanno anche a trovare Eva (Elena Bouryka). L a ragazza non vuole farli entrare in casa. Allora Stefano entra dalla finestra e scopre che in casa si trova Yuri (Paolo Romio), il ragazzo sparito da giorni, in stato confusionale. Cercano di interrogarlo, di carpire delle informazioni, scoprono che aveva visto Salvatore. Eva è convinta che il commissario sia suo padre, il poliziotto che era stato amante di sua madre Clara.
Quando va da Salvatore per sapere come mai conoscesse Yuri, incontra il magistrato Conti (Daniela Poggi) e Stucchi. E’stato sospeso, gli dicono, perché le sue impronte sono state trovate sull’arma del delitto.
Nel frattempo nelle acque del golfo viene trovato un corpo. E’ quello della madre di Yuri.
